湖州宗教主要有佛教、道教、基督教、天主教。明清时，湖州府设僧纲司、道纪司，各县设僧会司、道会司，掌管府县佛教、道教事宜。解放初期，湖州市民政科负责管理佛教、道教，文教科负责管理基督教、天主教，有的县由统战部负责管理。１９５８年，嘉兴专署建立宗教事务科。党的十一届三中全会后，各县(市)人民政府先后建立宗教事务处(科)，１９８４年，湖州市人民政府建立民族宗教事务处，２００５年升格为一级局(湖州市民族宗教事务局)，加强对宗教的管理和领导。
　　佛教：三国赤乌年间(２３８－２５０)，佛教传入永安县(２８２年改名武康县——今德清县境内)。东晋咸和年间(３２６－３３４)，德清建半月庵。无嘉年间 (４２４－４５３)初僧法瑶居武康小山寺，讲经说法，学者负笈笑盈衢。南齐时，比丘尼道迹得法于禅宗东土初祖达摩，佛教禅宗传入湖州，道迹居弁山诵《法华经》２０年，卒后，梁普通二年(５２１)敕置法华寺(又名白雀寺)。唐宋时，湖州高僧辈出，著述甚多，释道宣(长兴人)撰《唐高僧传》，释赞宁(德清人)撰《宋高僧传》。佛教３部高僧传，湖州学僧撰写２部。著名诗僧皎然(长兴人)，著《儒释交游传》及《内典类聚》４０卷，释道宣创佛教戒律宗，此宗对湖州影响较大，唐证圣(６９５)中，释子禹在长兴创大云道场，唐开元七年(７１９)湖州佛川寺释慧明，习学《律藏》后在上层有较大影响，弟子有刺史卢幼平、颜破卿、独孤问俗、杜位、裴清等。以念佛为特征的净土宗，北宋时己在湖州地区盛行，乌程县嘉会寺每年清明时节组织１０万信徒念佛，居士姚约在新市觉海寺组织净业社念佛。南宋绍兴二年(１１３２)，由释净梵劝募，观察使王永从捐，在归安县思溪圆觉寺雕印《大藏经》，全藏５４８函，５４８０卷，史称《圆觉藏》，淳熙二年(１１７５)，湖州资福禅寺又刻《大藏经》，全藏５９９函，５９４０卷，史称《资福藏》。宋代共刻６部汉字大藏经，其中湖州有２部。南宋时，道场山万寿寺定为禅宗“五山十刹”之一，成为全国性的大刹。明隆庆(１５６７—１５７２)年间，净土宗第八祖、明代佛教四大家之一的祩宏，在乌程县南浔苦修３年。释智旭受戒后不久，入孝丰县灵峰寺，潜心著述。在佛教理论上融会诸宗，归极净土，创净土宗灵峰派，著述分宗论与释论两类，前者有《灵峰宗论》１０卷，后者包括《阿弥陀经要释》等４７种，１９１卷，智旭与真可、祩宏、德清齐名，是明代佛教四大家之一，信徒奉为净土宗第九祖。清代，据同治《湖州府志》载，湖州府有佛教寺院、庵堂５４９座，其中：乌程县１７７座，归安县８８座，长兴县９０座，德清县４８座，武康县７４座，安吉县２４座，孝丰县４８座。民国２５年，据《浙江新志》载，佛教信徒吴兴县有５１３９８人，长兴县５００９６人，德清县８６２２人，武康县３９４人，安吉县２４６人，孝丰县２５３人。
　　中华人民共和国成立后，大部分僧尼还俗。据１９５５年４月统计，湖州市有僧尼６４人，吴兴县有１１４人。僧竹梵、恒森、自安、馥馨等佛教界人士当选为人民代表和政协委员。恒森法师先后出席浙江省第一届、第二届佛代会，馥馨、自安法师出席浙江省第三届佛代会。６０、７０年代，由于极“左”路线干扰，宗教信仰，当作迷信活动进行批判或限制活动。党的十三届三中全会后，拨乱反正，１９９２年５月，成立湖州市佛教协会，协助党和政府贯彻宗教政策。１９８４年，道场山万寿寺开放，并先后修复观音殿、客楼、千佛碑廊、山门、放生池、斋堂、藏经楼等。　１９８７年和１９８９年，又开放白雀法华寺、毗山慈云寺，使佛教徒有固定的活动场所。　１９９０年，全市有僧３２名，尼７名。２００５年，全市开放佛教场所有７５所，僧有１８１人，尼２０人。
　　道教：湖州道教始于东晋，时道士葛洪(２８４－３６４)在湖州炼丹。据《职方图志》载：“葛仙炼丹处天下有十三，乌程县其一。”湖州城南５０里的葛仙山便是葛洪炼丹之处。咸康元年(３３５)，道教徒在长兴建冲真观。元嘉 (４２４－４５３)时，吴兴东迁陆修静弃家修道，为湖州金盖山梅花观开山祖师，他在金盖山著《斋戒仪范》１００卷。南朝齐永明二年(４８４)，道教徒在武康建崇福宫，在孝丰北创集仙宫。北宋道士沈恩，居归安县东林山，相传是吕洞宾的好友，沈在东林山建回仙观。清道士闵苕敷，拜高东篱为师，成为全真龙门派正宗第十一弟子。嘉庆元年(１７９６)，闵对金盖山梅花观进行扩建，更名为纯阳宫(又名古梅花观)，闵在纯阳宫设坛传宗，辈分以“一阳来复本，合教永圆明”十字排列。纯阳宫是总坛，下有分坛１０余，湖州城区有依云坛、遗云坛、荫云坛、菱湖有还云坛，双林有正心坛、织里有万云坛、下昂有活云坛、荻港有怡云坛、东林有占云坛，长兴县有步云坛、彩云坛、玄云坛，安吉县孝丰有锦云坛，德清县城有梵云坛，嘉兴、上海等地也有分坛，道士闵苕敷对气功有研究，著有《古书隐楼丛书》，对道教史也有研究，曾编辑《道藏续编》第一集，还撰写了《金盖志略》和《金盖心灯》。晚清时，据同治《湖州府志》载，湖州府有道观５５座，其中乌程县１４座，归安县１２座，长兴县５座，德清县８座，武康县７座，安吉县４座，孝丰县５座。民国２５年(１９３６)，据《浙江新志》载，吴兴县有道教徒７４２人，长兴县４３５人，德清县１２５人，武康县１４１人，安吉县６３人，孝丰县４４人。
　　中华人民共和国成立后，大部分道士还俗。据１９５５年统计，湖州市有道士１６名，吴兴县３２名，长兴县６７名。党的十一届三中全会后，落实宗教政策，１９９７年９月，成立湖州市道教协会，同时开放金盖山纯阳宫(古梅花观)，使道教徒有自己的组织和活动场所。１９９０年，全市有道士１７名。２００５年，全市开放道教场所有４３处，道士有４５人，道姑２人。
　　基督教：传入市境的基督教，主要有内地会、浸礼会、监理会３个派系。
　　内地会：于同治年间(１８６２—１８７４)传入，时教士卫斯美至湖州传教，德清县新市等地同时传入，光绪三年(１８７７)又指派任兰卿牧师到安吉设分堂传教。
　　浸礼会：于清光绪十三年(１８８７)传入，时教士梅思恩至湖州传教，在湖州东街建礼拜堂，以后又在织里、和孚、菱湖设堂传教。二十九年(１９０３)在孝丰设堂传教，并扩展到递铺等地。三十四年(１９０８)在德清上柏设教堂。
　　监理会：于清光绪十六年(１８９０)由苏州连环在南浔设循环，派牧师衡特立(美籍)、曹子实至湖州传教，十九、二十四年又在双林、西湖州设循环，是年西湖州循环到长兴泗安传教，三十年教士毕立文(美籍)到长兴县城设布道处。次年湖州循环升为连环，湖州西部布道扩展到安吉的梅溪，箍兴县的林城。三十四年，在武康、三桥埠、筏头等地设堂传教。民国元年(１９１２)布道扩展到莫干山。民国７年，在湖各堂册籍信徒达２１７８人。次年，湖州基督教徒受“五四”运动影响，一些有识之士，提出了“洗支洋教污名”的主张，２１年教徒沈浪洗等，以宗教“自养、自主、自传”的精神，敬献地基，劝募经费，扩建湖州衣裳街的三余教堂。２５年沈将地基１亩连同房屋献给教会，作为教会自养、自立、自传基金。抗日战争开始后，监理会所办的福音医院，在上海“八一三”事变后，收治了几百名抗日伤员，并在湖州沦陷前夕作了安全转移。２７年，基督教监理会和美普会合并，名为基督教卫理公会。
　　中华人民共和国成立后，湖州市于１９５１年１０月成立基督教、天主教三自(自治、自养、自传)革新委员会。１９５４年９月湖州市基督教三自爱国运动委员会成立。据 １９５５的调查，湖州市有基督教徒５１０名，吴兴县２７２５名，长兴县约２００名。 １９５８年９月，卫理公会、浸礼会等基督教徒开始联合做礼拜。“文化大革命”期间，信徒转入家庭活动。党的十二届三中全会后，正当的宗教活动得到保护，１９８２、１９８４、１９８６年，安吉、德清、长兴３县先后召开基督教代表会议， １９８９年选举成立湖州市基督教三自爱国运动委员会，凌慰都(女)当选主席，陈达农、徐方训当选副主席。今市区开放的教堂有城区、菱湖、双林、南浔、练市、埭溪、善琏、和孚、织里、马腰、轧村、白雀、弁南、钟家墩等１４处。长兴县开放的有雉城教堂，吕山、和平、吴山、泗安、畎桥、煤山６个聚会点。德清县开放的有城关、上柏、武康、福水、韶村、筏头、三桥、新市、千村９个教堂，大造坞、杨墩、勾里、徐家庄、钟管、白彪、下塘、秋山、莫干山、三合、耳朵琪、团圩等１２个聚会点。安吉县开放的有孝丰、梅溪、递铺３个教堂，井村、鄣吴村、三官村、长弄口村、长森圩村、溪龙村、港口村、罗村、根福村、章村、上吴山村、陆家村、良村、古苑村、孝源村、塘浦村、前村、下村等１８个聚会点。１９９０年全市共有基督教徒２６０８６名，其中市区９２３４名，长兴县３２４６名，德清县２９８８名，安吉县９６００名。全市有牧师３名，长老４４名，专职传道８名，义务传道７３名。２００５年全市开放活动场所１０８所，共有基督教徒５４０００名，其中吴兴区７０００名，南浔区９０００名，长兴县９０００名，德清县９０００名，安吉县２００００名。全市共有牧师１５名，长老１０名，教师４３名。
　　中华人民共和国成立前，基督教浸礼会、监理会在湖州创办的普通中学有东吴附中(１９１５年)、湖郡女中(１９０６年)、浸会中学(１９２１年)、三一初中(１９３８年)；职业学校有湖州民德保婴师范学校(１９３２年)、福音护士高级职业学校(１９１８年)、三余商业初级职业学校(１９２９年)；小学有民德(１９２５年)、三一(１９３５年)、通济(１９３５年)，在孝丰也创办浸会小学(１９３９年)。监理会于民国１３年(１９２４年)还在湖州南门创办设备先进的福音医院。
　　天主教：天主教于明崇祯(１６２８—１６４４)年间传入湖州，教徒多数是渔民。清雍正二年(１７２４)，政府禁止天主教在内地传教，时传教士潜藏在船上，昼伏夜出传教。同治、光绪年间，开放天主教在内地的传教活动，时湖州属江西教区，天主教不仅在渔民中继续传教，而且在城乡传教。光绪七年 (１８８１)，双林镇南沈家兜(现属莫蓉乡)建天主教堂，湖州南浔、菱湖、双林相继设立。长兴的天主教，于清咸丰年间(１８５１－１８６１)传入。同治六年(１８６７)后，先后在雉城镇南和泗安镇建立天主教堂。德清县天主教堂，于清光绪三十一年(１９０５)传入新市、澉村等地，后又在德清县城、钟管、下舍、上柏、三桥、莫干山先后建立教堂。安吉县在主教于清光绪二十二年 (１８９６)传入，先后在安城、梅溪设立天主教堂。光绪二十八年(１９０２)，天主教传入孝丰县，在杭垓设立天主堂，三十一年又在孝丰城南设堂。
　　湖州天主教属杭州教区。民国９年(１９２０)，美籍马神父在湖州扩建天主堂，１２年英籍魏震东神父在南浔孙家坝、双林镇扩建天主教堂。是年，德清县有德清、新市、下舍、洛舍、戈亭、澉村、钟管７所天主教堂，教徒２２７人，武康县有武康、莫干山、上柏３所天主教堂，教徒１２人。安吉县天主教有梅溪本堂１所，下设小溪口、递铺、晓墅３处分堂，孝丰县天主教在孝丰城设本堂，下设杭垓分堂，刘家塘公所。抗日战争胜利后，天主教罗马圣庭对中国的天主教实行圣统制，湖州暂设总本堂，由爱尔兰高隆修会神父传教。爱尔兰籍神父在湖州总本堂的，有张国光、于乐三、罗维伦；中国籍神父有杨尹耕、包壬道、朱峰青。南浔、沈家兜、菱湖、德清、新市、梅溪、递铺等天主教堂，均有爱尔兰籍神父传教。
　　中华人民共和国成立后，湖州天主教于１９５１年由杨尹耕、朱峰青等神父组成三自革新委员会。１９５３年外籍神父先后回国。据１９５５年调查，湖州市、吴兴县有天主教徒２２０６名。“文化大革命”期间，教徒在家里进行宗教活动。党的十一届三中全会后，宗教活动恢复，南浔、双林、沈家兜教堂先后开放。教徒领洗及补礼者约有１４００人，至１９８７年，湖州市区有天主教徒３３００人，今南浔、双林天主教堂有修女４名。省教区主教朱峰青常至南浔、双林主持宗教仪式。１９９７年成立湖州市天主教爱国会，活动场所有南浔、横街、双林、沈家兜、菱湖、湖州。全市信徒有５０００人，神父２人，修女４人，杭州教区主教曹湘德。
　　历史上，湖州天主教会在湖州红门馆前创办景行小学(１９４５年)，在新市十景塘创办若瑟小学(１９４８年)，在孝丰创办改良小学(１９４８年)。１９４８年至１９４９年在双林和新市各创办一个露嘉诊所。